Peter Fischer schloss das Studium der Rechtswissenschaften an der Universität Genf 1984 als lic. iur., und 1986 legte er das Fürsprecherexamen am Obergericht Bern ab.
Anschliessend war er für fünf Jahre persönlicher Mitarbeiter des Generalsekretärs im seinerzeitigen Eidg. Verkehrs- und Energiewirtschaftsdepartement (EVED).
1992 nahm er die Arbeit als Vizedirektor im Bundesamt für Kommunikation auf.
1994 wurde ihm die Funktion stellvertretender Direktor und Leiter Abteilung Telecomdienste übertragen. Er hat dabei die Liberalisierung des Telecom-Marktes in der Schweiz konzipiert, den politischen Prozess dazu begleitet und die Marktöffnung auf Seiten der Behörden umgesetzt. Weiter zeichnet er verantwortlich für die bundesrätliche Strategie für eine Informationsgesellschaft in der Schweiz, in deren Rahmen die E-Government-Strategie erarbeitet wurde.
Neben seiner beruflichen Tätigkeit amtet er seit 1999 als Dozent an der Universität Freiburg.
Am 24. Januar 2007 hat der Bundesrat Peter Fischer zum Delegierten für die Informatikstrategie Bund ernannt.